bkbit.utils package

Submodules

• bkbit.utils.get_ncbi_taxonomy module
  • build_full_cache()
  • download_and_extract_zip_in_memory()
  • parse_dmp_content()
  • process_and_save_taxdmp_in_memory()
• bkbit.utils.load_json module
  • load_json()
• bkbit.utils.ncbi_taxonomy_cache module
  • build_full_cache()
  • data_dir()
  • download_and_extract_zip_in_memory()
  • ensure_full_cache()
  • full_cache_paths()
  • lookup_common_name()
  • lookup_scientific_name()
  • lookup_taxid()
  • parse_dmp_content()
• bkbit.utils.nimp_api_endpoints module
  • get_ancestors()
  • get_data()
  • get_descendants()
  • get_donor()
• bkbit.utils.setup_logger module
  • LOG_LEVELS
  • setup_logger()

Module contents